Echipa a fost fondată in 1900 de membrii unui club de gimnastică din München. În 1932 a câştigat primul campionat german, învingând Eintracht Frankfurt cu 2-0 în finală. După Al Doilea Război Mondial a promovat în prima divizie (Oberliga Süd). După o retrogradare şi o nouă promovare, Bayern München a câştigat Cupa Germaniei, învingând cu 1-0 Fortuna Düsseldorf. După această victorie, echipa a intrat în perioada de aur, la care au participat Franz Beckenbauer, Gerd Müller şi Sepp Maier. Prin această lungă dezvoltare, Bayern München a ajuns ceea ce este astăzi.
Franz Beckenbauer şi-a făcut debutul în Regionalliga Süd şi a câştigat primul meci cu FC St. Pauli la 6 iunie 1964. În anul următor, echipa FC Bayern a promovat în prima ligă şi a câştigat cu clubul Cupa Germaniei şi foarte multe cupe europene, la fel ca la echipa naţională, unde nu a lipsit de la mondialele şi europenele importante pentru ţară.
almares: 22 de titluri (1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006,2008,2010);
15 Cupe ale Germaniei (1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005,2006,2008,2010);
4 Supercupe ale Germaniei (1982, 1987, 1990,2010);
6 Cupe ale Ligii (1997, 1998, 1999, 2000, 2004,2007);
4 Cupe ale Campionilor (1974, 1975, 1976, 2001);
2 Cupe Intercontinentale (1976, 2001);
1 Cupa a Cupelor (1967);
1 Cupa UEFA (1996);
de 8 ori vicecampioana a Germaniei (1970, 1971, 1988, 1991, 1993, 1996, 1998, 2004,2009), iar de 4 ori a ocupat locul III (1966, 1976, 1982, 2002);
de 2 ori finalista a Cupei Germaniei (1985, 1999);
de 4 ori finalista a Cupei Campionilor (1982, 1987, 1999,2010);
a pierdut de 3 ori Supercupa Europei (1975, 1976, 2001);